自作テーマをページャー(ページ送り)に対応するには、以下の手順が必要です。

モジュールIDを複数ページに対応させる

反映しているモジュールIDの「条件設定」のタブ内「引数」の、「ページ」にチェックを入れていなければ、ページネーションは表示されません。



引数については、公式ドキュメントを参照してください。


ページャーのコードをテンプレート内に書く

モジュールの開始タグ〜終了タグのどこかに、以下のコードをコピー・ペーストしてください。
下記は「Site2015」テーマ用のコードです。マークアップは任意に変更してください。

<!-- BEGIN pager:veil -->
<!-- ページ送り 開始▼▼ -->
<div class="acms-pager-container">
<ul class="pager">
	<!-- BEGIN backLink --><li><a href="{url}" aria-label="前へ" class="pagerLink"><span aria-hidden="true">&laquo;</span></a></li><!-- END backLink -->
	<!-- BEGIN firstPage:veil --><li {pageCurAttr}[raw]><span><a href="{firstPageUrl}" class="pagerLink">{firstPage}</a></span></li><li>…</li><!-- END firstPage:veil -->
	<!-- BEGIN page:loop --><li{pageCurAttr}[raw]><span><!-- BEGIN link#front --><a href="{url}" class="pagerLink"><!-- END link#front -->{page}<!-- BEGIN link#rear --></a><!-- END link#rear --><!-- BEGIN glue --><!-- END glue --></span></li><!-- END page:loop -->
	<!-- BEGIN lastPage:veil --><li>…</li><li{pageCurAttr}[raw]><span><a href="{lastPageUrl}" class="pagerLink">{lastPage}</a></span></li><!-- END lastPage:veil -->
	<!-- BEGIN forwardLink --><li><a href="{url}" aria-label="次へ" class="pagerLink"><span aria-hidden="true">&raquo;</span></a></li><!-- END forwardLink -->
</ul>
</div>
<!-- ページ送り 終了▲▲ -->
<!-- END pager:veil -->

ページャーで利用できる変数(独自タグ)については、公式ドキュメントの「Entry_Body」モジュールの変数表を参照ください。
下記のリンク先のページを「pager:veil」でサイト内検索すると見つかります。

http://developer.a-blogcms.jp/reference/latest/acms-code/vars/Entry_Body.html